Le Congrès de la CSQ a lieu une fois tous les trois ans (à moins d’exception). Il s’agit de l’instance suprême qui regroupe les délégations de tous les organismes affiliés. Il détermine les politiques générales, les objectifs majeurs, les grandes lignes d’action et les grandes priorités. De plus, il procède à l’élection du Conseil exécutif.
L’AREQ y délègue 30 personnes.