La CSQ est gouvernée entre ses congrès par un Conseil général. Le Conseil général précise les orientations de la Centrale et prend toute mesure nécessaire à la réalisation des décisions du Congrès général ; il adopte le plan d’action et le budget et peut établir des politiques nouvelles sujettes à révision par le Congrès général.
Le Conseil général se réunit quatre ou cinq fois par année. L’AREQ y délègue 6 personnes.